L’ufficio di Gabella costituisce la seconda magistratura senese per importanza dopo la Biccherna, dalla quale nasce nel corso del XIII secolo come sezione specializzata nella gestione della riscossione delle imposte indirette del Comune. Durante la fase della Repubblica senese, la magistratura era composta da un giudice e da tre membri detti esecutori. Il giudice, che restava in carica sei mesi, era eletto dal Concistoro, dal camarlingo e dai provveditori di Biccherna, dai Capitani di Parte, dai Consoli di Mercanzia, dagli esecutori di Gabella e doveva essere un forestiero nato ad almeno 30 miglia di distanza dalla città di Siena. Aiutato da due berrovieri che costituivano la sua guardia personale, sovrintendeva su due notai anch’essi obbligatoriamente forestieri che gestivano la Gabella dei Contratti; egli poteva emettere bandi e imporre multe, decretando l’invio dell’esercito nel contado contro comunità che non pagavano le gabelle imposte, giudicava su tutte le questioni inerenti alle tassazioni. Gli esecutori di Gabella erano eletti dal Concistoro e dagli altri Ordini del Comune, scelti a gruppi di quattro per ogni Terziere e poi votati o in epoca più recente estratti a sorte. All’inizio di ogni mese essi dovevano rendere conto delle entrate e delle uscite del mese precedente di fronte al Consiglio Generale; erano coadiuvati da alcuni ufficiali (scriptores e pulitiatores) e da un notaio che si occupava della vendita delle gabelle. A completamento del personale di questa magistratura c’erano i correttori di Gabella, tre ufficiali eletti dal Concistoro, uno per ogni Terziere, che dovevano rivedere le tassazioni e le imposizioni di dazi. Per stabilire l’ammontare delle tassazioni nelle terre del contado erano nominate tre commissioni, una per ogni Terziere, composte di dodici cittadini ciascuna, che redigevano una lista delle terre del Dominio e proponevano una cifra di tassazione.  Uno scorcio dell'interno dell'ufficio di Gabella è raffigurato nella tavoletta n. 38 che mostra l'allegoria del Buon Governo, un uomo anziano con barba e lunghi capelli bianchi seduto in trono in mezzo agli ufficiali della magistratura intenti a svolgere i loro compiti al banco da lavoro.

Nel 1588 il granduca Ferdinando I fece una riforma per la quale i quattro esecutori dovevano essere estratti a sorte e il camarlingo sorteggiato doveva rendere conto delle entrate al Depositario. Con Pietro Leopoldo le competenze della Gabella furono ridotte alla sola registrazione dei contratti; per il resto tutto divenne competenza della Dogana. Nel 1808 la Gabella fu soppressa dal governo francese e il suo fondo fu versato all’Archivio di Stato nel 1859 da parte dell’ufficio del Registro. Essendo gli uffici deputati alla riscossione delle entrate pubbliche in origine tutti dipendenti dalla Gabella, anche in seguito a modifiche di competenze subentrate nel corso del tempo, i locali degli uffici rimasero in comune e con essi l’archivio fu tenuto per tutti unicamente dal cancelliere di Gabella. Tale ragione giustifica la confusione generatasi tra le varie serie e la mescolanza soprattutto dei registri delle serie minori spesso caratterizzate da forti analogie, che dunque attualmente devono essere considerate come una sorta di fondo unico di materiale archivistico.