Il Concistoro deriva la sua denominazione da quella del supremo organo di governo quando in epoca tarda cessò di essere designato con il numero delle persone che lo componevano, come avveniva in origine. Altrove chiamato Signoria o Senato, era la struttura che deteneva il sommo potere e nella quale risiedeva l’effettiva autorità politica dopo che il Podestà era stato ridotto a semplice magistrato giudiziario. Al tempo del governo vescovile i Consoli istituirono un consiglio che permise la partecipazione del popolo al governo. Nel 1167 i senesi cacciarono il vescovo Ranieri, avverso al potere imperiale, ed i Consoli, in origine forse tre, assunsero in pieno il comando del Comune. Con l’istituzione dell’ufficio del Podestà che Federico Barbarossa aveva concesso ai Comuni d’Italia nel 1183 dopo la pace di Costanza e che a Siena fu confermato dal figlio Enrico nel 1186, questo nuovo magistrato assunse la presidenza del consiglio consolare. Fino dal 1212 il Podestà era un forestiero assistito da speciali collegi cittadini quali la Biccherna, i Consoli di Mercanzia, i Pizzicaiuoli, i Cavalieri ed i Buoni Uomini. Successivamente, a causa dell’eccessivo potere di questo ufficiale che talora trascinava il Comune in una politica contraria agli interessi della città, verso il 1236 fu istituito un nuovo consiglio che prese il nome dal numero dei membri che lo costituirono. Nel 1252 la creazione del Capitano del Popolo tolse al Podestà la massima parte del suo antico potere e il Concistoro divenne la suprema autorità politica. 

I compiti del Concistoro inizialmente abbracciavano tutta l’attività dello Stato e da esso dipendevano tutte le magistrature; con l’andare del tempo però, mancando le competenze specifiche necessarie in particolari circostanze, furono nominate speciali commissioni temporanee, dette Balìe che in seguito diventarono stabili e sottrassero al Concistoro il disbrigo degli affari. La sommossa popolare che nel 1355 rovesciò il governo dei Nove, distrusse anche gli Archivi del Concistoro, così che si è conservato solo qualche registro del periodo anteriore a questo evento ed è scomparsa tutta la documentazione relativa al primo secolo di attività della magistratura. Il Concistoro era convocato dal Capitano del Popolo e prevedeva l’esposizione dei vari argomenti alla quale seguiva la votazione. I componenti dell’ufficio erano estratti a sorte, rimanevano in carica due mesi, alloggiavano nel Palazzo Pubblico mantenuti a spese pubbliche e non potevano uscire dalla sede se non per motivazioni particolari e con il viso coperto da una maschera, soltanto se preceduti e seguiti da ufficiali subalterni detti “rotellini”. Un riferimento puntuale a quest'ultima figura è presente nella tavoletta n.90, dove si vede l'ufficiale che accompagna due cavalieri che escono dalla città di Siena; la critica ritiene che la tavoletta ricoprisse il registro sul quale il notaio del Concistoro annotava i viaggi effettuati nel contado per conto del Comune.

Al Concistoro spettavano in origine anche le competenze riguardanti l'amministrazione dei luoghi fortificati dello Stato senese, come mostra la tavoletta n.88 riferibile a questa magistratura, che rappresenta un muratore intento nella costruzione di una fortezza. Più tardi tali mansioni furono demandate ad un ufficio specifico denominato Casseri e Fortezze, che verosimilmente non divenne mai una magistratura autonoma.

Dopo la fine della Repubblica e la riforma voluta da Cosimo I, il Concistoro fu ridotto a magistratura civica con competenza giudiziaria e di appello nelle cause amministrative e con autorità consultiva e deliberativa nella materia nobiliare senese e fu unito alla Balìa. Nel 1808 l’organo fu abolito dai francesi e Siena fu aggregata all’impero napoleonico.