La Compagnia di San Giovanni Battista della Morte fu fondata per l’assistenza ai carcerati e condannati a morte ed ebbe la sua prima sede in un locale posto sotto le volte del duomo, al quale si accedeva dalla scala che dalla Pieve di San Giovanni sale verso la cattedrale. La nuova chiesa fu eretta alla fine del XV secolo, quando a Siena e nel contado sorsero numerosi oratori; i documenti attestano che nel 1445 l’Ospedale di Santa Maria della Scala donò alla Compagnia una casa situata presso il duomo per costruirvi l’oratorio, ma in realtà i fratelli affittarono il locale a “lavoratori di scarpello”. Nel 1464 la Compagnia risulta essere creditrice del Comune di una somma di denaro spesa per dare conforto ai bisognosi e seppellire i morti durante una grave pestilenza e presenta una supplica al Concistoro per avere i denari. Non conosciamo l’esito della vicenda che fu sottoposta al parere del Consiglio Generale, dal momento che non figura tra le deliberazioni di quel tempo. Nel 1466 il Capitolo dell’Ospedale di Santa Maria della Scala revocò la concessione della casa donata nel 1445 e pretese l’acquisto della stessa da parte della Compagnia, che dovette ricorrere alla benevolenza del Comune e alla carità di pie persone per sostenere la spesa. Nel 1708, grazie ad una donazione di denari fatta dalla nobildonna Francesca Piccolomini Chigi, fu possibile effettuare il restauro dell’altar maggiore della chiesa. La Compagnia fu soppressa con le leggi leopoldine e la chiesa fu trasformata in magazzino e abitazione. L’oratorio è ubicato in Via di Monna Agnese detta anche “Piaggia della Morte”, nei pressi dell’arco che immette nella piazza del duomo.

Nella tavoletta n.105 è dipinto il teschio simbolo della Compagnia.